細胞破碎是提取胞內產物的關鍵步驟，破碎方法的得當與否，直接影響到所提取產品的產量、質量和生產成本。實驗室對組織細胞的破碎方法很多，有機械方法、物理方法、化學方法和生物化學方法等。
在破碎前，材料常需要預處理，如動物材料要除去與實驗無關甚至有妨礙的結締組織，脂肪組織和血污等，植物種子需要除殼，微生物材料需將菌體和發酵液成分分開等。
不同實驗規模、不同實驗材料和實驗要求，使用的破碎方法和條件也不同。一些堅韌組織，如肌肉、植物的根莖等，常需要強烈的攪拌或研磨作用，才能把其組織細胞破壞。而比較柔軟的組織如肝、腦等，用普通的玻璃勻漿器即可達到*破壞細胞的目的。
對同一實驗材料，由于實驗要求不同，采用的破碎方式也存在一定差異，如提取中的核酸和提取其中的核苷酸，前者必須保持十分溫和的條件，以保持分子的完整性;后者可采用強烈手段。
機械法細胞破碎主要通過機械切力的作用使組織細胞破碎的方法，常用的器械有組織搗碎機、勻漿器、研缽和研磨、壓榨器等。
1、組織搗碎機
將材料配成稀糊狀液，放置于筒內約1/3體積，蓋緊筒蓋，將調速器先撥至Z慢處，開動開關后，逐步加速至所需速度。一般用于動物組織、植物肉質種子、柔嫩的葉芽等，轉速可高達10000rpm/M以上。由于旋轉刀片的機械切力很大，制備一些較大分子如核酸則很少使用。
2、勻漿器
先將剪碎的組織置于管中，再套入研桿來回研磨，上下移動，即可將細胞研碎。勻漿器的研缽磨球和玻璃管內壁之間間隙保持在十分之幾毫米距離。制作勻漿器的材料，除玻璃外，還可以用硬質塑料、不銹鋼、人造熒光樹脂等。此法細胞破碎程度比高速組織搗碎機為高，適用于量少和動物臟器組織。
存在的問題：較易造成堵塞的團狀或絲狀真菌，較小的革蘭氏陽性首以及有些亞細胞器，質地堅硬，易損傷勻漿閥，也不適合用該法處理。
3、研缽
多用于細菌或其他堅硬植物材料，研磨時常加入少量石英砂，玻璃粉或其他研磨劑，以提高研磨效果。
4、細菌磨
是一種改良了的研磨器，比研缽具有更大的研磨面積，而且低部有出口。操作時先把細菌和研磨粉調成糊狀，每次加入一小勺，研磨20-30秒即可將細菌細胞*磨碎。
